夫婦は互いに支え合って家庭を形成します。夫婦は社会生活の基本的な単位であり、その平穏な生活は保護されます。したがって、既婚者と不倫をすることは、その家庭生活を侵害するものであり違法です。夫婦の一方（設問の場合は夫）と不倫をした者は、その他方に対して慰謝料を支払う責任があります。しかし、その夫婦の婚姻関係が破綻している場合には、家庭生活の実態がないことになりますから、責任は発生しません。ただし、あなたの弁解に妻が納得せず、裁判で争いになった場合には、あなたが婚姻関係が破綻していたという事実を事実上立証する必要があります。
　その場合、交際相手が妻と長期間別居していたという事情だけでは不十分です。別居と言っても単身赴任といった事情もあるからです。例えば、あなたの交際相手が不倫をする前から、既に妻に対して離婚調停や訴訟を起こしていたり、あるいは妻との間で離婚に向けた話し合いをしていた事実が証拠で確認できれば、婚姻破綻であったということが推認できます。
　婚姻関係が破綻していたかどうかは、複雑な解釈になりますから、争うことになったら弁護士に相談することをおすすめします。